萃取條件的選擇有幾種情況：一是用同一種流體選擇不同的壓力來改變提取條件，從而提取出不同類型的化合物；二是根據提取物在不同條件下，在超臨界流體中的溶解性來選擇合適的提取條件；三是將分析物沉積在吸附劑上，用超臨界流體洗脫，以達到分類選擇提取的目的；四是對極性較大的組分，可直接將甲醇加入樣品中，用超臨界CO2提取，或者用另一個泵按一定比例泵入甲醇與超臨界CO2，來達到增加萃取劑強度的目的。
影響萃取效率的因素除了萃取劑流體的壓力、組成、萃取溫度外，萃取過程的時間及吸收管的溫度出會影響到萃取及收集的效率，萃取時間取決于兩個因素：一是被萃取物在流體中的溶解度，溶解度越大，萃取效率越高，速度也越快；二是被萃取物質在基體中的傳質速率越大，萃取越完全，效率也越高。收集器或吸收管的溫度也會影響到回收率，降低溫度有利于提高回收率。
超臨界流體減壓后，用于收集提取物的方法主要有兩類--離線SFE及在線SFE或聯機SFE，離線SFE本身操作簡單，只需要了解提取步驟，樣品提取物可用其他合適的方法分析。在線SFE不僅需要了解SFE，還要了解色譜條件，而且樣品提取物不適用于其他方法分析，其優點主要是消除了提取和色譜分析之間的樣品處理過程，并且由于是直接將提取物轉移到色譜柱中而有可能達到最大的靈敏度。
